La misión del CIME es obtener conocimiento en el campo de la microscopía electrónica (de transmisión y barrido) para desarrollar métodos propios, formar recursos humanos especializados y ofrecer mejores servicios a todos los potenciales usuarios ya sean integrantes del sistema científico-académico como de los sectores sociales y productivos. Los campos de
aplicación de este tipo de microscopía son las ciencias biológicas, médicas, forenses, geológicas, de los materiales y tecnológicas de los alimentos, agraria, minera, electrónica, nanotecnología, entre muchas otras.
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